The Precipitate

 ساعات بنندم عل القرار و ساعات بنندم عل الندم و ساعات بنضحك عل المرار و كتير بنبكي من الألم و نعيش نجاهد في العمار و كله بيروح للعدم و من بعيد نور الفنار فخ و غميق و المية دم  زي الفراش شده الشرار قرب و جرب و اتصدم طريق و معروف المسار و كله كافح و انهزم و لسة بندور في المدار و درس عمره ما اتفهم بنخاف من الديب ليل نهار و الراعي دباح الغنم 

We recently had a very interesting  debate  around the mechanisms of toxicity in neurodegenerative diseases (NDDs) and whether it is mainly a gain-of-function (GOF) or loss-of-function (LOF) toxicity due to amyloid aggregation. Before the debate, the inspiring patient advocate Marina Noordegraaf ( @Sparks4PD ) asked me if the GOF and LOF proponents could switch sides during the debate and try to defend the other point of view. I apologized to her saying that it would be very difficult for me to defend GOF since the most common GOF defenses are counterfactual. Here I will list some of the common GOF defenses that we usually get whenever we discuss LOF in papers, reviews, seminars, or on Twitter.   1.   K nock out/down a nimals  of the amyloidogenic proteins show no phenotype, thus not supporting LOF This is just not true . While there is never going to be a perfect animal model that accurately reflects all aspects of the human pathology (and this is true...

Why LOF was lost? When a protein aggregates, two things happen, one is certain and the other is uncertain. -  The certain consequence is that the protein loses its function, because any protein needs its native conformation and solubility to function  →  loss-of-function (LOF) - The uncertain consequence is that the resulting aggregates become particularly more toxic  →  gain-of-function (GOF) While the two mirror-image possibilities are scientifically valid, the majority of the field studying amyloids, especially within neurodegenerative diseases, chose to focus on the uncertain consequence (GOF) and almost completely ignore the certain one (LOF). A friend of mine asked me why? Why something as obvious as LOF became almost unthinkable and is only mentioned shyly as a heretic belief on the outskirts of the literature? Here, I will try to discuss the historical factors that I think contributed to this huge asymmetry in amyloid science, and how this uni...

(الفصل الأول) أحلامنا فرسة جموحة راكباها نفس طموحة رابطانا في ديلها و جارية في جبال الشوك العالية و الشوك بيقطع لحمك و بتروي الارض بدمك و هي ولا حاسة بهمك مش طايقة جبال الشوك نفسها في الأرض المفتوحة أحلامنا..   (الفصل الثاني) لعشرين سنةٍ أو أكثر و الفرسُ الجامحُ في جوفي يطلب شيئا لا يتبدّل يجري فَزِعاً كالمجنونِ يركض بسباقٍ مُتخيَّل يرفض أبداً أن يتوقف يرفض حتى أن يتمهل عجباً حقاً.. من أخبر طفلاً مثلَك؟ من أغراك بهذا؟؟ فجَعلتهُ مقصوداً أوّل عجباً حقاً.. ما أدراك.. إن كان هو الأمل الأمثل؟ لعلّ ما تبحثُ عنهُ طيفٌ زائف يسبحُ في عقلِ أجهل أو حتفٌ يزدان نفاقاً حتى إذ تدركُهُ...تُقْتَل كم خضتَ غِماراً بي قهراً قامرتَ بعمري كي ترحل بحثاً عن هدفٍ مفقودٍ بعتَ الحاضرَ للمستقبل و صُدمنا في ألفِ جدارٍ ظنَنتَ تخطّيهم يَسهُل و تَبِعتَ سراباتٍ شتّى تأبى دوماً أن تتأنى تنسى دوما أن تتأمّل من منا يُمسِكُ بزمامِ الآخر؟ من منا يقرر ما نفعل!!؟ أنهكني سعيُكَ يا فرسي قد حان الوقتُ لأترجّل قد حان الوقتُ لكيّ نصبر كي...

أنا المصري و عنواني  تحت خط الفقر جنب الحيط  أنا الساكن في أحزاني  و بدفع بالدموع تقسيط  و بضحك على هم أبكاني  و لولا الضحكة كنت فَنِيت  أنا المسجون و سجاني  هو الحرامي ، وأنا اللي صاحب البيت أنا العريان و متغطي بسواد الليل  أنا البردان و انا سارح بكيس مناديل  أنا العيان و مش لاقي حق برشامة و إن قلت آآه.. يقولوا صبره قليل  أنا الطفل اللي مهري ضرب في الورشة  أنا القاعدة تبيع الخضرة عل الفرشة أنا الناس اللي قلبها بيدق بس صعب تقول إنها عايشة  أنا اللي مدقتش اللحمة  أنا الزحمة  أنا اللي تهت في دروبك أدور فيها عل الرحمة أنا بيتي فِ حواريكي  عايم في مجاريكي  لا أنا عارف أسيب و أهرب  و لا قادر أجاريكي  أنا العايش بين الأموات  أحن عليّ من البهوات  جيتهم ضيف و قبلوني و قالوا بكرة نبقى اخوات  ما هي مش فارقة بالمرة  ما أنا ميت ميتين مرة  مرة في قطر جواكي  و مرة في مركبة برة  و مرة في طابور العيش و مرة عل الحدود في في الجيش و مرة بطلق...

The DNA double helix is probably the most famous structure in the world. Since its discovery in 1953; it became an icon for the molecular basis of life, featured in arts and architecture as a symbol of science's triumph and beauty. However, it is less known that another double-stranded structure is involved in devastating diseases such as Alzheimer's, Parkinson's, and mad cow diseases; the cross-β structure . This structure forms the basis of all amyloids and prions.  Both the double helix and the  cross-β  structures are said to have the capacity to replicate and transmit biological information.  But how similar/different are these two double-stranded structures? Why one of them encodes life while the other causes death? The  double-helix/ cross-β  is the relevant comparison when we want to study the question of whether amyloids/prions can self-replicate and what are their functions in biology and disease. We should not be discussing the amyloid supers...